L’histoire se passe pendant la deuxième Guerre mondiale.
Bruno, 9 ans, vit à Berlin avec son père (dont il ignore le véritable travail), sa mère et sa sœur Gretel âgée de 12 ans (il la surnome le cas desepérée). Un jour, il apprend que toute la famille doit déménager à Hoche-Vite (Auschwitz) pour le travail de son père. Sur place, il découvre une nouvelle maison qui trône toute seule au milieu d’un lieu désolé. Bruno, désormais seul, s’ennuie. Sa demeure est sinistre. En plus, Il y croise des soldats qui entrent et sortent comme s’ils étaient chez eux. Il regrette Berlin, ses camarades…
Par hasard, par une fenêtre, il aperçoit des baraquements, des soldats, mais aussi des gens qui sont tous habillés de la même façon : un pyjama rayé. Sa curiosité, son envie d’explorer, et sa solitude vont le pousser peu à peu vers le Camp. En s’approchant du grillage, il aperçoit un jeune de son âge, Shmuel, un jeune juif. Une profonde amitié se noue peu à peu entre eux.
Plusieurs semaines plus tard, à la demande de leur maman, malheureuse et horrifiée par ce qui se passe au camp, Bruno et Gretel sont informés qu’ils vont sous peu retourner à Berlin. Il est désormais temps pour Bruno de prendre congé de Shmuel. Mais, une dernière aventure reste encore à réaliser pour Bruno : passer de l’autre côté de la clôture et aider Shmuel à retrouver un père qui semble désormais introuvable. Pour se faire et afin de passer inaperçu, Bruno enfile lui aussi un pyjama rayé, un calot et retire ses souliers. Leurs recherches ont lieu un peu partout dans le camp mais demeurent vaines. Aucun indice ! C’est à ce moment, qu’autour d’eux, tout s’agite : des soldats ordonnent aux prisonniers de se réunir, pour les conduire dans une chambre à gaz. Les deux garçons, Bruno et Shmuel, font partie du lot… À ce moment, les parents de Bruno constatent enfin sa disparition. Ils le recherchent en toute hâte, mais trop tard.
Le mal a été fait…